Монастырь в период арабского завоевания Синая в 625 году направил делегацию в Медину, чтобы заручиться покровительством пророка Мухаммеда. Копия полученной монахами охранной грамоты — Фирман Мухаммеда (оригинал с 1517 года хранится в Стамбуле, куда он был истребован у монастыря султаном Селимом I), выставленная в монастыре, провозглашает, что мусульмане будут защищать монастырь, а также освобождают его от уплаты налогов.[11] Фирман был написан на коже газели куфическим почерком и скреплён отпечатком руки Мухаммеда.[12] …да не сменится епископ или священник от своих мест и не изженется монах из своего монастыря. …да не разрушится ни единая из церквей или часовен их и да не употребится ничего из принадлежащего церквам их на постройку мечетей или домов мусульманских.[12] Охранная грамота Мухаммеда Однако, несмотря на полученные привилегии, количество монахов начало сокращаться и к началу IX века их осталось всего 30. С распространением в Египте ислама в монастыре появляется мечеть, сохранившаяся до настоящего времени: «За церковью недалеко каменная хата, где турки, арабы поклоняются Магомету».[13]
Легенда гласит, что в одну из своих поездок в качестве купца Мухаммед посетил монастырь. Это вполне вероятно, тем более что Коран упоминает о святых местах Синая. Так что когда полуостров был завоёван арабами в 641 году, монастырь и его обитатели продолжали вести привычную им жизнь.
